生产酸奶、奶酪等发酵乳类制品，乳酸菌是必不可少的原料，决定了发酵后的口感和营养成分。益生菌则具有各式各样的功能特性，添加到奶粉等乳制品（乳制品行业分析报告）中，能起到促进肠道蠕动、调节肠胃功能等作用。近年来，部分国内科研机构、企业的相关研发力度不断加大，已经取得一批成果。
20世纪90年代初期，国内乳品工业，特别发酵乳制品虽已进入高速发展时期，但菌剂供应基本被外企垄断。从1989年起，内蒙古农业大学张和平教授带领团队在全球32个国家采集自然发酵乳制品（如发酵牛乳、马乳、驼乳、羊乳、牦牛乳、奶酪）等样本，至去年底，已分离、保藏乳酸菌47573株，涵盖乳酸菌的33个属、138个种和亚种。2023年10月，内蒙古农业大学建立的乳酸菌种质资源库被中国食品科学技术学会认定为目前已知的全球最大的乳酸菌种质资源库。
通过持续努力，张和平团队从采集到的菌株中，已鉴定出一批拥有自主知识产权的乳酸菌、益生菌，如干酪乳杆菌zhang、双歧杆菌V9、植物乳杆菌P-8、乳双歧杆菌Probio-M8等，打破了外企在这一领域的技术垄断，部分已在乳业企业实现转化。近年来，兰州大学生命科学学院环境微生物课题组也聚焦乳酸菌、益生菌研究，分离鉴定出的发酵乳酸杆菌GR3已用于酸奶等产品生产。
本土乳制品企业也日益重视乳酸菌、益生菌的研发应用。伊利益生菌研究中心总监洪维鍊说，目前，该集团已成功研制出一款乳酸菌发酵剂，此外开发出的3株益生菌菌株，可应对肠道健康、体重控制和口腔健康需求。2021年，蒙牛集团通过自主菌种分离筛选及功能研究，开发出多种具有自主知识产权的优良益生菌菌株，掌握了部分发酵乳制品生产的关键技术，有助于减少对进口菌株的依赖。君乐宝集团则建立起拥有1000余株乳酸菌的菌种库，研发出具有自主知识产权的副干酪乳杆菌N1115、植物乳杆菌N3117及自主酸奶发酵剂。