我国城镇化快速发展的同时，也存在城市规模结构不合理、大中小城市发展不协调等问题，降低了资源配置效率。与发达国家相比，我国特大城市和大城市数量相对较少，难以充分承载更多发展要素和人口。同时，中小城市发展质量、承载力有待提升。部分中小城市和资源型城市在产业发展、公共服务、基础设施等方面存在短板，面临人口流出、产业萎缩的状况。尤其是京津冀、成渝地区城镇体系呈现“哑铃型”结构，中小城市发展数量和质量有待提升。
北京、上海等超大特大城市经济、文化、医疗等资源过度集中，“大城市病”问题较为突出，如交通拥堵、住房紧张、环境污染等，城市治理能力和治理水平有待提高。与大城市相比，中小城市在基础设施、公共服务等方面存在短板，资金、技术、人才等资源相对匮乏，发展动力不足，难以实现与大城市协调发展。“东快西慢”“南强北弱”的不平衡态势进一步凸显。东部沿海地区的中心城市基于比较优势快速扩张，西部、东北地区一些中小城市发展境遇不佳、发展动力不足，反映了区域发展不平衡以及产业结构变迁带来的城市发展差异。
珠三角地区改革开放后凭借市场化改革和产业转型升级，吸引大量外来人口和投资，产业与人口不断聚集。而东北部分资源型城市如黑龙江鹤岗、辽宁抚顺等，则因资源枯竭、产业结构单一等问题，面临经济收缩和人口流失的困境。我国城市群内部存在城镇化发展不均衡、不协调的问题，各城市间由于利益不同互相博弈，尚未形成高效联动融合机制。中心城市或大城市发展动力极化现象日益突出，经济和人口向大城市及城市群集聚的趋势比较明显，而中心城市对周边辐射带动能力不足。
以成都都市圈为例，成都10年间增加580多万人，但德阳、眉山、资阳三市的人口却减少或微增。京津冀城市群地理位置优越，但城市群内部尚未形成良好的产业链条和功能分工，河北一些城市仍依赖传统重工业（工业行业分析报告），导致资源配置不均衡。长三角城市群是我国最为发达的城市群之一，但大中小城市之间发展不协调问题依然存在，相较于上海、南京等大城市，浙江嘉兴和江苏南通等中小城市在产业结构、基础设施建设、人才储备等方面存在短板。