近年来，在相关部门共同推动下，我国物流（物流行业分析报告）业与制造业融合发展取得了不小进步，但也还存在一些突出问题。
一方面，很多大型制造业企业在物流选择上，往往习惯于“大而全”“小而全”的自主运营物流业务，属于简单功能的一方物流，自建仓储和运力资源导致基础设施重复建设和成本大幅增加，影响了物流集约化、专业化水平，社会物流资源闲置浪费严重。部分制造企业将物流视为企业成本项，而非提升供应链效率协同的价值项，多聚焦单一环节、局部功能降低物流成本，对供应链物流在提升生产率、缩短生产周期、减少库存占用方面的价值认识不足。另一方面，部分第三方物流企业多聚焦传统仓储、运输或配送等单一领域，专业化、精细化、系统化服务不够，物流服务多停留在基础层面，未能深入到制造企业产业链供应链的核心环节，使得制造业企业不愿意外包物流服务。
目前，我国物流自动化率平均水平仅有20%。据京东物流研究院统计，目前仍有约49.2%的企业未使用任何仓储物流自动化设备，已使用的自动化设备渗透率也普遍较低，智能分拣设备和智能装卸设备渗透率只有11.9%左右。部分制造业企业信息化程度低，与外部物流企业、供应商、客户之间的信息共享程度低，使得企业无法及时根据市场需求变化调整物流计划。此外，制造业涉及众多行业与产品，不同企业、不同产品的物流包装、运输载具、仓储设施等标准不统一，增加了物流转换成本与时间成本。
各种基础设施统筹规划不够，港口集装箱港区中超过50%没有铁路专用线，货物需要在港口码头、铁路场站、货运站、机场等设施间频繁转运，增加了短倒成本。很多制造业园区和集群在产业规划时没有考虑到物流规划，工厂布局、库房设计、功能定位等不能满足制造业供应链高效衔接的发展需要，导致物流成本增加。