盈利能力待考，作为集成电路行业垂直分工模式下典型的Fabless(仅从事芯片（芯片行业分析报告）设计，无晶圆厂)设计公司，晶圆的成本及供应对于复旦微的经营与生产而言同样起着至关重要的影响。芯片产品的成本主要为晶圆成本、封装测试成本和其他测试成本，其中，晶圆作为生产芯片的主要原材料，其成本占据整个芯片成本的50%以上。
然而，复旦微在报告期内对于晶圆成本的控制并不到位。招股书数据显示，2017-2019年及2020年上半年复旦微购买的晶圆单价分别为6052.60元/片、6562.91元/片、7302.47元/片和7664.46元/片，采购价格持续提升，报告期末较2017年涨超26%。
而这一变化产生的影响也直接在复旦微的直营业务成本上呈现出来。数据显示，2017—2019年复旦微设计及销售集成电路(占其主营业务营收9成以上)成本中，晶圆成本分别为37699.46万元、41822.22万元、50750.00万元、22134.34万元，占比则由56.77%逐渐提升至64.45%。倘若这一趋势延续，复旦微的成本压力无疑将也进一步提升，并最终限制其盈利能力提升。
而更令人担忧的是，尽管复旦微的存货构成中原材料(主要为晶圆原材料)存货余额均各期末总存货余额的40%，且在报告期内逐步扩大备货规模，但由于晶圆供应商高度集中在GlobalFoundrie、中芯国际等几家厂商中，在主要晶圆代工厂商产能供给日趋紧张的背景下，其依然面临晶圆市场价格上涨或晶圆供货短缺的带来的潜在风险及影响。数据显示，报告期各期末，复旦微存货账面价值分别为36710.63万元、60604.84万元、58807.81万元和60160.44万元，分别占流动资产总额的22.25%、31.69%、34.23%和34.11%，自2018年起持续处于较高水平。