重庆市与四川省、贵州省签署流域横向生态保护补偿协议，实现流域横向生态保护补偿机制在长江干流和重要支流全覆盖，重庆市及其他相关省份累计拨付补偿资金逾7亿元。重庆境内水系发达，长江横贯重庆全境，重要支流嘉陵江、乌江等在重庆境内与长江汇流；河流纵横，境内流域面积大于100平方公里的河流有274条，其中流域面积大于1000平方公里的河流有42条。
重庆在市内流域横向生态保护补偿模式、补偿标准和补偿基准上不断优化机制，推动市内流域面积500平方公里以上且跨区县的19条重要河流全面建立了跨区县的横向补偿机制。在跨省生态保护补偿机制方面，重庆注重拓面增效。在与四川省、湖南省签订长江干流、濑溪河、酉水河补偿协议基础上，长江干流重庆段实现四川—重庆—湖北流域横向生态保护补偿机制“全线贯通”，川渝嘉陵江流域、渝黔乌江流域，以及前河、阿蓬江等重要支流新纳入生态保护补偿范围。
相关合作同时注重精准科学，因地制宜选取水（水行业分析报告）生态环境要素指标，提升补偿机制的针对性和有效性。重庆市与贵州省签署的乌江流域生态保护补偿协议中，双方统筹乌江流域“高水平保护”与贵州磷化工产业“高质量发展”，将“总磷”作为核心补偿指标，以总磷年均值0.05毫克/升为限实施双向补偿。
与四川省签署的长江流域第二轮生态保护补偿协议中，将生态流量、自然岸线率、鱼类多样性等全面反映水生态环境的指标纳入补偿机制范围，补偿与受偿不再依据水质“单科成绩”，而是水生态“综合得分”。